此外，西南地區辣椒生育期（4-7月）內高溫多雨，土壤中陽離子淋失嚴重，加劇了辣椒鎂營養的缺乏。常見的辣椒鎂素缺乏癥狀有：由底部老葉開始向上，葉片葉脈間黃化而葉脈持綠，生長受阻，減產嚴重。因此，鎂營養缺乏可能是限制西南地區辣椒增產的主要限制因子之一。

研究表明：每生產1000kg辣椒辣椒需要氮（N）5.19kg、磷（P2O5）1.07kg、鉀（K2O）6.46kg、鈣（Ca）2-5kg、鎂（MgO）0.7-5.3kg，辣椒對鎂的需求量較高，不及時補鎂會造成辣椒開花座果期到果實膨大期葉片大量黃化造成早衰現象，明顯降低辣椒的產量和商品性。